| 1. | 中華民國八十八年二月二十二日行政院臺八十八孝授四字第０一三一０號令訂定全文二十二條 |
| 2. | 中華民國八十九年十二月三十日行政院臺八十九孝授四字第一七三五九號令修正發布第三條、第五條、第十條、第十一條、第十二條、第十四條、第十六條、第十七條、並增訂第十七條之一；刪除第十八條條文 |
| 3. | 中華民國九十年十月二十九日行政院臺九十孝授四字第０八二三一號令修正發布第三條、第五條、第十條、第十一條條文 |
| 4. | 中華民國92年12月22日行政院院授主孝四字第0920007981號令修正發布第 1條、第3條至第5條、第10條至第12條、第14條；刪除第2條條文(原名稱: 交通建設基金收支保管及運用辦法) |
| 5. | 中華民國95年6月9日行政院院授主孝四字第0950003525A號令修正發布第5 條、第10條、第11條、第13條至第15條；刪除第12條條文 |
| 6. | 中華民國96年12月7日行政院院授主孝四字第0960007007A號令修正發布第 15條條文 |
| 7. | 中華民國99年11月18日行政院院授主孝四字第0990006877A號令修正發布 第10條、第11條、第17條、第20條條文 |
| 8. | 中華民國104年10月27日行政院院授主基綜字第1040200885A號令修正發布 第10條、第11條條文 |
| 9. | 中華民國107年10月9日行政院院授主基綜字第1070201218A號令修正發布 第5條條文 |
| 10. | 中華民國109年5月25日行政院院授主基綜字第1090200483A號令修正發布 第3條、第5條、第10條、第11條條文 |
| 11. | 中華民國111年11月3日行政院院授主基綜字第1110201864A號令修正發布 第1條、第3條、第5條、第10條、第11條、第17條之1、第22條條文，第1 條、第3條、第5條、第10條及第11條規定，自國營臺灣鐵路股份有限公司 設置條例施行之日施行 |