| 1. | 民國八十九年十二月十五日行政院臺八十九秘字第三五○五一號令訂定發布全文三十六條 |
| 2. | 民國九十年九月十九日行政院臺九十秘字第○四八三八五號令修正發布第十條、第十二條至第十四條、第二十條、第二十六條、第二十七條條文；並增訂第二十條之一條文 |
| 3. | 民國九十年十二月三十一日行政院臺九十秘字第○七八五四八號函發布通航試辦期間延展一年自九十一年一月一日起至十二月三十一日止 |
| 4. | 民國九十一年七月三十一日行政院院臺秘字第○九一○○三八四三五號函修正發布第十條、第十五條、第二十五條、第二十六條、第二十七條條文，增訂第十條之一、第十條之二及第三十五條之一條文；並自九十一年八月一日施行 |
| 5. | 中華民國92年11月18日行政院院臺秘字第0920061568號令修正發布第14條 條文，並自92年11月20日施行 |
| 6. | 中華民國93年3月1日行政院院臺秘字第0930082484號令修正發布第1條、 第5條、第6條、第7條、第10條、第10條之1、第10條之2、第11條、第1 2條、第13條、第15條、第17條、第23條、第35條、第35條之1；增訂第 12條之1條文，並定自93年3月1日施行 |
| 7. | 中華民國94年2月22日行政院院臺陸字第0940005612號令修正發布第10條 、第10條之1、第10條之2、第12條、第13條、第14條、第15條、第20條 條文，並定自94年2月21日施行 |
| 8. | 中華民國94年9月28日行政院院臺陸字第0940046720號令修正發布第29條 條文 |
| 9. | 中華民國95年4月28日行政院院臺陸字第0950019133號令修正發布第10條 、第10條之1、第10條之2條文；並定自95年5月1日施行 |
| 10. | 中華民國95年12月29日行政院院臺陸字第0950095723號令修正發布第10條 、第10條之1、第10條之2、第12條、第36條條文；並自發布日施行 |
| 11. | 中華民國96年3月31日行政院院臺陸字第0960014012號令修正發布第10條 、第10條之1、第10條之2、第12條、第14條、第15條、第17條、第18條 、第19條條文 |
| 12. | 中華民國97年3月31日行政院院臺陸字第0970012595號令修正發布第10條 至第10條之2、第19條條文，並定自97年4月1日施行 |
| 13. | 中華民國97年6月19日行政院院臺陸字第0970087194號修正發布第10條、 第10條之1、第10條之2、第11條、第12條之1、第13條、第14條、第15 條、第20條、第35條之1；並定自民國97年6月19日施行 |
| 14. | 中華民國97年9月30日行政院院臺陸字第0970042578號令修正發布第10條 、第12條、第14條、第15條、第19條、第20條；刪除第25條條文；並定 自民國97年9月30日施行 |
| 15. | 中華民國97年10月15日行政院院臺陸字第0970046469號令修正發布名稱及 全文33條；並定自民國97年10月15日施行(原名稱:試辦金門馬祖與大陸 地區通航實施辦法) |
| 16. | 中華民國99年7月12日行政院院臺陸字第0990038036號令修正發布第4條、 第10條、第12條至第15條；刪除第27條至第29條條文；並定自99年7月 15日施行 |
| 17. | 中華民國100年6月28日行政院院臺陸字第1000033224號令修正發布第6條 、第12條、第13條、第19條；並定自中華民國100年6月30日施行 |
| 18. | 中華民國102年7月19日行政院院臺法字第1020042507號令修正發布第4條 、第14條條文及第26條附表，並定自102年8月1日施行(中華民國102年 7月19日行政院院臺規字第1020141353號公告第26條第1項附表所列屬「 行政院衛生署中醫藥委員會」之權責事項，自102年7月23日起改由「衛 生福利部」管轄) |
| 19. | 中華民國103年12月4日行政院院臺法字第1030066170號令修正發布第4條 、第11條至第14條、第20條條文，並定自104年1月1日施行 |