| 1. | 中華民國九十三年一月二十七日交通部交航發字第０九三Ｂ０００００五號令訂定發布全文五十三條 |
| 2. | 中華民國九十三年十二月三日交通部交航發字第０九三Ｂ０００一０八號令修正發布第三十九條條文 |
| 3. | 中華民國九十四年四月一日交通部交航發字第０九四００八五０一一號令修正發布全文五十九條 |
| 4. | 中華民國九十六年五月二十二日交通部交航字第０九六００八五０二六號令修正發布第十條、第十四條、第十七條、第二十三條、第二十九條、第三十條、第三十一條、第三十二條、第四十條、第四十二條、第四十三條、第四十四條、第四十五條、第五十七條；增訂第三十二條之一、第四十五條之一、第四十五條之二條文 |
| 5. | 中華民國九十六年十月三日交通部交航字第０九六００ 八五０四五號令修 正發布第十三條、第十五條、第十八條、第二十四條、 第四十三條、第 四十四條、第四十五條之二、第五十九條條文 |
| 6. | 中華民國九十八年一月二十日交通部交航字第０九八００八五００二號令修正發布第十八條及第二十四條條文 |
| 7. | 中華民國九十八年五月十三日交通部交航字第０九八００八五０二四號令修正發布第二十二條、第二十八條、第三十條、第三十一條、第四十一條、第四十二條條文 |
| 8. | 中華民國九十八年十月二十日交通部交航字第０九八００八五０五四號令修正發布第四條、第五條、第九條、第四十五條之二、第五十七條條文 |
| 9. | 中華民國九十九年十二月二十一日交通部交航字第０九九００一二０七二號令修正發布第六條、第十條、第二十二條、第三十一條、第四十二條條文 |
| 10. | 中華民國一００年七月六日交通部交航字第一０００００六三二六號令修正發布第一條、第十五條條文 |
| 11. | 中華民國100年10月6日交通部交航字第1000009298號令修正發布第40條、第47條、第59條；增訂第39條之1、第39條之2、第39條之3、第39條之4、第39條之5、第39條之6、第39條之7、第39條之8、第39條之9、第39條之10、第39條之11條文；本次修正發布之第39條之1至第39條之11及第40條，自101年8月1日施行 |
| 12. | 中華民國101年1月30日交通部交航字第10150007361號令修正發布第15條、第40條、第59條條文，並自發布日施行；本次修正之第15條條文自101年7月30日施行 |
| 13. | 中華民國101年7月31日交通部交航字第10150111541號令修正發布第15條、第39條之2、第39條之3、第39條之4、第39條之5、第39條之8、第39條之9、第39條之11、第40條、第43條、第59條；增訂第15條之1、第43條之1條文；本次修正發布之第39條之2至第39條之5、第39條之8至第39條之9、第39條之11及第40條，自101年8月1日施行 |
| 14. | 中華民國101年10月23日交通部交航字第10150156391號令修正發布第39條之2條文 |
| 15. | 中華民國102年4月17日交通部交航字第10250048551號令修正發布第14條、第39條之4、第45條之2條文及第15條之1之附件二、第39條之2之附表一 |
| 16. | 中華民國103年7月30日交通部交航字第10350092831號令修正發布第33條 、第39條之2、第39條之3條文 |
| 17. | 中華民國103年8月21日交通部交航字第10350101671號令修正發布第14條 、第41條、第45條之2條文及第15條之1附件二、第39條之2附表一 |
| 18. | 中華民國104年8月11日交通部交航字第10450104261號令修正發布全文77 條，自發布日施行(中華民國107年4月27日行政院院臺規字第1070172574 號公告第2條第2項第3款、第24條第7款、第30條第6款所列屬「海岸巡防 機關」之權責事項原由「行政院海岸巡防署及所屬機關」管轄，自107年4 月28日起改由「海洋委員會海巡署及所屬機關（構）」管轄；第54條第4 項、第7項所列屬「行政院海岸巡防署」之權責事項，自107年4月28日起 改由「海洋委員會及所屬機關（構）」管轄) |
| 19. | 中華民國107年7月17日交通部交航字第10700193421號令修正發布全文63 條，自發布日施行 |
| 20. | 中華民國108年6月24日交通部交航字第10800167931號令修正發布第16條 、第42條及第16條附件一、第24條附表一；增訂第24條之1條文 |