| 1. | 中華民國九十三年九月十日交通部交航發字第０九三Ｂ００００六三號令訂定發布全文二十三條，並自發布日施行 |
| 2. | 中華民國九十七年二月四日交通部交航字第０九七００八五００七號令修正發布第四條、第五條、第十一條、第十二條、第十三條、第十四條條文 |
| 3. | 中華民國99年1月15日交通部交航字第0990085004號令修正發布名稱及全文22條，並自發布日施行(原名稱:交通部主管自由貿易港區事業營運管理辦法) |
| 4. | 中華民國101年5月14日交通部交航字第10150063361號令修正發布全文21 條，自發布日施行 |
| 5. | 中華民國102年7月22日交通部交航字第10250098221號令修正發布第2條、 第5條、第10條、第11條、第12條、第17條、第19條條文 |
| 6. | 中華民國107年11月6日交通部交航字第10750145761號令修正發布全文20 條，自發布日施行 |