| 1. | 中華民國七十年十一月五日交通部交法字第二五三００號令訂定發布全文七十六條 |
| 2. | 中華民國七十八年一月十五日交通部交航發字第七八０一號令修正發布第十五條、第二十二條及第二十三條條文 |
| 3. | 中華民國八十三年八月二十三日交通部交航發字第八三三七號令修正第四條、第五條、第七條條文 |
| 4. | 中華民國八十四年十月二十六日交通部交航發字第八四五三號令修正第六條、第五十八條條文 |
| 5. | 中華民國九十年十一月十四日交通部交航發九十字第０００七五號令修正第五十條條文 |
| 6. | 中華民國九十一年一月二十九日交通部號令修正發布第五十條 |
| 7. | 中華民國九十二年七月十四日交通部交航發字第０九二Ｂ００００六六號令修正發布第一條、第二條、第三十七條、第五十條、第六十五條、第六十六條、第六十七條、第六十八條、第六十九條、第七十條、第七十二條、第七十四條；增訂第六十六條之一；刪除第七十一條、第七十三條、第七十五條條文 |
| 8. | 中華民國九十三年三月五日交通部交航發字第０九三Ｂ００００一九號令修正發布名稱及第四條、第十條、第四十四條、第四十五條；增訂第三條之一；刪除第五十二條條文（原名稱：國際商港港務管理規則） |
| 9. | 中華民國九十三年十一月十九日交通部交航發字第０九三Ｂ００００八一號令修正發布第三十八條、第七十四條條文 |
| 10. | 中華民國九十八年四月十七日交通部交航字第０九八００八五０二一號令修正發布增訂第二十九條之一條條文 |
| 11. | 中華民國九十八年六月二十二日交通部交航字第０九八００八五０三三號令修正發布第五十條條文 |
| 12. | 中華民國一００年一月二十六日交通部交航字第一００００００六七四號令修正發布第九條條文 |
| 13. | 中華民國101年8月22日交通部交航字第10150121912號令修正發布全文54條，自發布日施行 |
| 14. | 中華民國103年11月27日交通部交航字第10350149201號令修正發布第31條 、第32條條文(中華民國103年12月26日行政院院臺規字第1030158355號 公告第18條第2項所列屬「內政部入出國及移民署」之權責事項，自104 年1月2日起改由「內政部移民署」管轄) |
| 15. | 中華民國104年2月16日交通部交航字第10450019201號令修正發布第3條條 文 |
| 16. | 中華民國104年10月6日交通部交航字第10450128691號令修正發布第3條、 第20條、第54條條文及第四章章名，除第3條第2項、第20條第8款之施 行日期，由交通部定之外，其餘自發布日施行(中華民國105年12月12日 交通部交航(一)字第10598002592號令發布第3條第2項、第20條第8款， 定自106年9月8日施行) |
| 17. | 中華民國107年11月22日交通部交航字第10750156411號令修正發布第3條 、第20條、第31條、第33條、第35條、第37條、第38條、第42條、第43條 、第54條；增訂第9條之1、第29條之1；刪除第30條、第41條條文，除第3 條第2項、第20條第9款之施行日期，由交通部定之外，自發布日施行(中 華民國107年12月14日交通部交航(一)字第10798002372號令發布第3條第2 項、第20條第9款條文，定自108年1月1日施行) |
| 18. | 中華民國110年2月3日交通部交航(一)字第11098000182號令修正發布第3 條、第18條、第29條、第29條之1、第54條；增訂第29條之2條文，除第29 條之2之施行日期，由交通部定之外，自發布日施行 |
| 19. | 中華民國112年4月26日交通部交航(一)字第11298001281號令修正發布第2 9條之2條文 |