一、依據法規：
臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法第七條：「非運送客貨之
各類船舶申請航行臺灣地區與大陸地區港口者，應檢附航行目的、計
畫及相關文件，申請航港局核轉交通部專案許可。前項申請案件，交
通部應會商有關機關進行審查。」
二、航行港口：遊艇可航行之港口為兩岸開放直航之港口，本作業程序適
用範圍為金門、馬祖、澎湖與大陸地區直航申請。
三、遊艇申請航行金門、馬祖、澎湖與大陸地區所需文件：
（一）直航申請公文。
（二）航行計畫書：應包含申請人、航行目的（如另有相關資料請檢
附）、航行船舶（檢附船舶彩色照片）、航行時間、起迄港口
及預定航行路線等詳細內容，及其他相關說明或文件。
（三）乘員名單。
（四）遊艇駕駛及助手名單／遊艇操作人員名單，並說明是否上岸。
（五）相關適航證書（臺灣地區／大陸地區）
(1)遊艇證書／遊艇檢驗證書
(2)船舶國籍證書（總噸位二十以上）／船舶國籍證書
(3)遊艇駕駛執照／遊艇操作人員適任證書
(4)船舶自動識別系統（AIS）
（六）意外責任險或旅客傷害保險單。
（七）大陸籍遊艇需檢附臺灣相關協會或船務代理委託書。
四、遊艇申請航行金門、馬祖、澎湖與大陸地區審查流程：
（一）航港局初審：審查申請文件是否齊全，前點第一款至第五款文
件備齊則請各有關機關先行審查，第六款及第七款文件未齊全
則請申請人補正；初審所需時間以三日為原則。
（二）會商有關機關審查：初審確認前點第一款至第五款申請文件齊
全後，函請行政院大陸委員會、行政院海岸巡防署、國防部、
靠泊港口縣市政府與管理單位及交通部等相關機關進行書面審
查，並副知CIQS相關機關知悉；預計所需審查時間以七日為原
則。
（三）函復審查結果：綜整各機關審查意見後，函復申請人申請許可
准駁或仍須補充之文件，並副知各審查機關及CIQS相關機關；
所需時間以二日為原則。
五、遊艇可採批次辦理申請及審查：
為因應同一艘遊艇經常性辦理直航申請之情形發生，考量遊艇短期內
船舶基本資料變化之機率不高，為加速申請案審查作業程序，規劃以
船、人分離審查原則辦理，遊艇可採批次方式辦理直航申請及審查，
核發直航許可期限以相關證書效期為限（最長不超過十二個月），許
可期間應於欲航行前向航港局及港口管理單位提出航行及靠泊申請；
人員則依內政部移民署之規定每次進行申請及審查。